Hiiragi Utena selalu mengagumi gadis-gadis ajaib dan berkhayal untuk bertransformasi menjadi seorang pahlawan wanita keren yang melawan kejahatan. Jadi, ketika sosok seperti boneka mendekatinya pada suatu malam, mengklaim bahwa dia memiliki kekuatan magis yang tidak aktif di dalam dirinya, dia gemetar kegirangan. Namun, mimpinya yang penuh warna dengan cepat hancur dalam sebuah kejadian ironis ketika dia berubah menjadi penjahat! Tidak tertarik untuk bergaul dengan kekuatan jahat, dia mencoba untuk berhenti ketika sekelompok gadis-gadis ajaib muncul dan menyatakan perang. Pertempuran pun terjadi dan Hiiragi segera menemukan bahwa dia menikmati menimbulkan rasa sakit pada orang lain saat sifat aslinya mulai muncul. Mahou Shoujo ni Akogarete mengikuti Hiiragi saat dia memulai kehidupan barunya sebagai pemimpin penjahat, bertarung melawan gadis-gadis ajaib dan memanjakan diri dengan sifat sadis yang baru ditemukannya sesuka hatinya.